Trường MN Yên Mạc là trường hạng 1, có hiệu trưởng và 02 phó hiệu trưởng (Hiệu trưởng Vũ Thị Liên được bổ nhiệm theo Quyết định số 625 QĐ-UBND  ngày 03  tháng 9 năm 2014 của UBND Huyện Yên Mô. Phó Hiệu trưởng Đinh Thị Thuý Tình được bổ nhiệm theo Quyết định số 2598- QĐ/HU ngày 05 tháng 9 năm 2014 của Huyện Yên Mô ; Phó Hiệu trưởng Phạm Thị Hồng Lụa được bổ nhiệm theo Quyết định số 608/QĐ - CT ngày 01 tháng10 năm 2007 của  UBND Huyện Yên Mô ) [H1-1-01-01]. Nhà trường có Hội đồng trường được thành lập theo Quyết định số 87/ QĐ-PGD&ĐT ngày 20 tháng 10 năm 2014 của PGD Huyện Yên Mô và hằng năm hội đồng trường được kiện toàn khi có sự thay đổi về nhân sự. Hội đồng trường gồm có 9 thành viên, do hiệu trưởng nhà trường làm chủ tịch hội đồng [H2-1-01-01] Hằng năm Hiệu trưởng nhà trường ra quyết định thành lập Hội đồng Thi đua khen thưởng [H3-1-01-03]. Ngoài ra, tuỳ theo tính chất và nhiệm vụ từng công việc, nhà trường còn có Hội đồng Chấm sáng kiến kinh nghiệm, Hội đồng Chấm thi GV giỏi và đồ dùng đồ chơi tự làm [H3-01-01-06]. Nhà trường không có hội đồng kỷ luật do nhiều năm qua trường không có sự vụ gì xảy ra.

Nhà trường có Tổ chuyên môn Nhà trẻ, Tổ chuyên môn MG, tổ văn phòng. Để thuận tiện cho việc chăm sóc, nuôi dưỡng trẻ. Mỗi tổ đều có tổ trưởng và tổ phó được hiệu trưởng nhà trường ra quyết định hằng năm.

Nhà trường có Chi bộ Đảng trực thuộc Đảng bộ Xã Yên Mạc gồm 18 đảng viên . Tổ chức Công đoàn có 33 đoàn viên trực thuộc, Công đoàn ngành GD&ĐT . Chi Đoàn thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh có 12 đoàn viên.