Sứ mạng của Trung tâm GDTX Yên Khánh là đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, nghiên cứu khoa học  và chuyển giao công nghệ tiên tiến trong lĩnh vực xây dựng đáp ứng sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước và hội nhập quốc tế.